９月２９日までに返信を、ということで、標記書類が年金受給者に届いているようです。
さて、結論から言うと、無記入で提出出来ます、ただし・・です。
以下、ご説明します。

まず、税の法定調書については、国税庁の

「社会保障・税番号＜マイナンバー＞制度導入直後の混乱を回避する観点など
を考慮し、申告書等にマイナンバー（個人番号）・法人番号の記載がない場合
でも受理する」　　＜ここをクリック＞
http://www.nta.go.jp/mynumberinfo/FAQ/gaiyou_qa.htm#a23-1

という扱いに現時点でも変わりはないので、空白で出しても手続きはされます。

ただ「個人番号申出書（平成29年分扶養親族等について)」　＜ここをクリック＞
http://www.nenkin.go.jp/oshirase/topics/2017/20170901.files/6.pdf

では、配偶者、扶養親族のところで

「個人番号（マイナンバー）を必ず記入してください。記入いただけない場合、
確認のため、申出書をお返し、再提出をお願いすることになります。」

となっているので、改めて記入を求められることにはなると思われます。

そこで、記入忘れではないことを示すために、
「マイナンバーに反対だから記入しない」等の理由を書いて送り返す必要はありそうです。

未記入で提出したことで控除が受けられないということは、この間の、私たち「共通番号いらないネット」との省庁交渉をふまえればありえないですが、しかし今後どうなっていくかは、今後の運動次第です。

よって、
提出後、また記入を求められることはあるかもしれませんが、空白で提出してもかわ
りなく受理し手続きすることになっていますというのが、今現在の回答です。

いろんな動きがあれば、また、ご案内します。
ご不明な点は、何なりとお尋ね下さるようお願いします。